Francisco José Lombardi nació el 3 de agosto de 1949, en Tacna, Perú. Es hijo de Francisco Lombardi y de María Oyarzu. Cursó sus estudios primarios en el Colegio Nacional Coronel Bolognesi de su ciudad natal y los secundarios en el Colegio de la Inmaculada de Lima, donde publicó sus primeras críticas de cine en la revista escolar Cine Estudio. Esa publicación lo puso en contacto con el grupo editor de la revista de crítica cinematográfica Hablemos de Cine, donde publicó varios textos críticos. Estudió en la Escuela de Cine de la Universidad Nacional del Litoral en Santa Fe, Argentina, hasta que la institución fue intervenida por el gobierno militar de Onganía. Regresó al Perú y realizó estudios de cine en la Universidad de Lima. En 1974 comenzó a filmar cortometrajes después de fundar Producciones Inca Films junto a su cuñado José Zavala Rey de Castro. Entre sus cortos destacan Al otro lado de la luz, Tiempo de espera y Callejón oscuro. Además, fue productor de cortometrajes de Augusto Tamayo, Aldo Salvini, Pablo Guevara, Augusto Cabada, Lucho Barrios, entre otros directores. En 1977 debutó en la dirección de largometrajes con Muerte al amanecer, cuyo éxito de público y crítica le permitió emprender rápidamente Cuentos inmorales (1978), película de episodios junto a Augusto Tamayo, José Carlos Huayhuaca y Pili Flores Guerra. A partir de entonces, la carrera cinematográfica de Lombardi ha ido en ascenso filmando una serie de largometrajes, buena parte de ellos en coproducción con España y especialmente con Gerardo Herrero como productor. Lombardi también fue productor de las series Bajo tu piel y Estrellita, así como de la película La fuga del Chacal de Augusto Tamayo. En el año 2003 se desvinculó de Producciones Inca Films y a partir de ese momento trabajó de manera independiente. Su labor en el cine ha sido reconocida a través de homenajes y retrospectivas en varios foros internacionales, como en los Festivales de La Habana, Friburgo, Huesca y Trieste, entre otros. En el año 2002 el Festival de Cine de Lima le otorgó el Spondylus, máximo galardón del evento, como homenaje y reconocimiento a su carrera de cineasta. En el año 2004, Lombardi obtuvo el premio Irene Diamond, Lifetime Achievement Award, otorgado por Human Rights Watch «por su extraordinario compromiso con el cine de derechos humanos». También ha obtenido la Medalla de Orden al Mérito Pablo Neruda, reconocimiento otorgado por el Consejo Nacional de la Cultura y las Artes de Chile «por su destacada contribución al cine y la cultura latinoamericanas». En noviembre de 2019, en el marco de la edición 45 del Festival de Huelva de Cine Iberoamericano,  donde Perú fue el país invitado de honor,  se le brindó un reconocimiento a su filmografía y recibió  el Premio Ciudad de Huelva.